Thomas DERRIEN

Equipe Génétique du Chien

Adresse courriel : thomas [dot] derrien [at] univ-rennes [dot] fr

Téléphone : +33 (0)2 23 23 65 34

Numéro de bureau : Villejean / Bât 4 / 10 (RdC)

 

En quelques mots

Je suis biologiste-bioinformaticien et je m’intéresse plus particulièrement à l'annotation des génomes c'est-à-dire l'identification des éléments génomiques fonctionnels (gènes, ARN non-codants...) par des approches combinant séquençage haut-débit et bioinformatiques.

Durant ma thèse sur la génétique du chien, j'ai développé une méthode de comparaison de génomes basée sur la conservation de l'ordre des gènes entre espèces (AutoGRAPH). Cette approche a mis en évidence les segments conservés au cours de l'évolution entre le chien et d'autres mammifères et permis d'améliorer l'annotation de son génome par l'identification de plusieurs centaines de nouveaux gènes canins.

Pendant mon post-doctorat au CRG (Barcelone), je me suis intéressé aux nouvelles méthodes d'identification d'éléments fonctionnels humains par séquençage haut-débit (ou NGS) dans le cadre du consortium international ENCODE (ENCyclopedia Of Dna Elements). Par l’exploitation des données de séquençage de transcriptome (RNA-Seq), j'ai caractérisé un catalogue de ~15,000 ARN longs non-codant (lncRNAs) impliqués dans la régulation de l'expression des mRNAs.

J’ai été recruté en tant que chargé de recherche au CNRS en 2012.  Je développe des outils bioinformatiques utilisant des méthodes d'apprentissage automatique (e.g. FEELnc: Wucher et al.) pour l'annotation des génomes d'organismes modèles et/ou domestiqués (chien, poulet…).

Depuis 2019, je suis responsable scientifique de la plateforme de séquençage IGDR "long-read" (LR) de la technologie Oxford Nanopore. Dans ce cadre, nous utilisons et développons des outils bioinformatiques dédiés au données longues lectures pour identifier les lncRNAs (Matthias Lorthiois, Aurore Besson) et les variations structurales génomiques (Céline Le Béguec, Stéphanie Mottier) chez le chien et l'homme.

Nous développons aussi des stratégies d'apprentissage profond (CNN, transformers) appliquées aux données génomiques/transcriptomiques afin de prédire l'expression des gènes et l'impact des mutations non codantes (thèse de Camille Kergal). 

 

Responsabilité

  • Co-responsable du groupe Bioinfog (Bioinformatique de l'équipe génétique du chien).

  • Responsable scientifique du plateau IGDRion (séquençage 3eme génération Nanopore de l'IGDR).

  • Membre nommé de la Section 21 du CNRS (2020-2023).

  • Membre nommé de la CSS MISTI de INRAE : Commission Scientifique Spécialisée Mathématique, Informatique, Sciences et Technologies du numérique, Intelligence artificielle et Robotique (MISTI) (2020 - 2025).

  • Membre élu du Conseil de Laboratoire (collège C/EC) de l'IGDR (2017-2021).

  • Co-animateur du groupe de cohésion sociale de l’IGDR

  • Développement  et maintenance des outils bioinformatiques suivants :

    • AutoGRAPH: Serveur de génomique comparative.

    • FEELnc : Outil d’annotation des long non-coding RNAs.

 

Publications majeures (liste comlete pubmed)

  • Lagarrigue, S., Lorthiois, M., Degalez, F., Gilot, D., & Derrien, T. (2021). LncRNAs in domesticated animals : From dog to livestock species. Mammalian Genome. https://doi.org/10.1007/s00335-021-09928-7

  • Hédan B, Rault M, Abadie J, Ulvé R, Botherel N, Devauchelle P, Copie-Bergman C, Cadieu E, Parrens M, Alten J, Zalcman EL, Cario G, Damaj G, Mokhtari K, Le Loarer F, Coulomb-Lhermine A, Derrien T, Hitte C, Bachelot L, Breen M, Gilot D, Blay JY, Donadieu J, André C. PTPN11 mutations in canine and human disseminated histiocytic sarcoma. Int J Cancer. 2020 Sep 15;147(6):1657-1665. doi: 10.1002/ijc.32991. Epub 2020 Apr 8. PMID: 32212266.

  • Foissac S, Djebali S, Munyard K, Vialaneix N, Rau A, Muret K, Esquerré D, Zytnicki M, Derrien T, Bardou P, Blanc F, Cabau C, Crisci E, Dhorne-Pollet S, Drouet F, Faraut T, Gonzalez I, Goubil A, Lacroix-Lamandé S, Laurent F, Marthey S, Marti-Marimon M, Momal-Leisenring R, Mompart F, Quéré P, Robelin D, Cristobal MS, Tosser-Klopp G, Vincent-Naulleau S, Fabre S, Pinard-Van der Laan MH, Klopp C, Tixier-Boichard M, Acloque H, Lagarrigue S, Giuffra E. Multi-species annotation of transcriptome and chromatin structure in domesticated animals. BMC Biol. 2019 Dec 30;17(1):108. doi: 10.1186/s12915-019-0726-5. PMID: 31884969; PMCID: PMC6936065.

  • Sessegolo C, Cruaud C, Da Silva C, Cologne A, Dubarry M, Derrien T, Lacroix V, Aury JM. Transcriptome profiling of mouse samples using nanopore sequencing of cDNA and RNA molecules. Sci Rep. 2019 Oct 17;9(1):14908. doi: 10.1038/s41598-019-51470-9. PMID: 31624302; PMCID: PMC6797730.

  • Prouteau A, Chocteau F, de Brito C, Cadieu E, Primot A, Botherel N, Degorce F, Cornevin L, Lagadic MA, Cabillic F, de Fornel-Thibaud P, Devauchelle P, Derrien T, Abadie J, André C, Hédan B. Prognostic value of somatic focal amplifications on chromosome 30 in canine oral melanoma. Vet Comp Oncol. 2020 Jun;18(2):214-223. doi: 10.1111/vco.12536. Epub 2019 Sep 13. PMID: 31461207.

  • Hitte C, Le Béguec C, Cadieu E, Wucher V, Primot A, Prouteau A, Botherel N, Hédan B, Lindblad-Toh K, André C, Derrien T. Genome-Wide Analysis of Long Non- Coding RNA Profiles in Canine Oral Melanomas. Genes (Basel). 2019 Jun 23;10(6):477. doi: 10.3390/genes10060477. PMID: 31234577; PMCID: PMC6628375.

  • Hédan B, Cadieu E, Botherel N, Dufaure de Citres C, Letko A, Rimbault M, Drögemüller C, Jagannathan V, Derrien T, Schmutz S, Leeb T, André C. Identification of a Missense Variant in <i>MFSD12</i> Involved in Dilution of Phaeomelanin Leading to White or Cream Coat Color in Dogs. Genes (Basel). 2019 May 21;10(5):386. doi: 10.3390/genes10050386. PMID: 31117290; PMCID: PMC6562630.

  • Le Béguec C., et al. Characterisation and functional predictions of canine long non-coding RNAs. Sci Rep,  8:13444 (2018). Wucher, V. et al. FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome. Nucleic Acids Res gkw1306 (2017). doi:10.1093/nar/gkw1306

  • Plassais, J. et al. A Point Mutation in a lincRNA Upstream of GDNF Is Associated to a Canine Insensitivity to Pain: A Spontaneous Model for Human Sensory Neuropathies. PLoS Genet 12, e1006482 (2016).

  • Broeckx B. J. G. et al. Improved canine exome designs, featuring ncRNAs and increased coverage of protein coding genes. Scientific Reports 5, 12810 (2015).
    Derrien T, Estellé J, Sola SM, Knowles DG, Raineri E, Guigó R, et al. Fast Computation and Applications of Genome Mappability. PLoS One. (2012);7. 

  • Derrien, T. et al. The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: Analysis of their gene structure, evolution, and expression. Genome Res 22, 1775–1789 (2012).

  • Djebali, S. et al. Landscape of transcription in human cells. Nature 488, 101–108 (2012).
    Ørom U et al. Long noncoding RNAs with enhancer-like function in human cells. Cell 143, 46–58 (2010).

  • Derrien T., André, C., Galibert, F. & Hitte, C. AutoGRAPH: an interactive web server for automating and visualizing comparative genome maps. Bioinformatics 23, 498–499 (2007)