Ressources In silico pour la genomics/transcriptomics (canine).

Nous développons et utilisons des outils bioinformatiques pour des projets de génomique et de transcriptomique liés à des questions de recherche fondamentale telles que :

  • la prédiction de l'expression des gènes par des approches d'apprentissage profond et donc la prédiction de l'impact des mutations régulatrices sur l'expression des gènes.
  • l'annotation du génome et plus particulièrement l'identification et la caractérisation des longs ARN non codants (lncRNAs) à partir de données transcriptomiques courtes et longues (SR- et LR-RNAseq).
  • la génomique comparative, l'étude de la sélection directionnelle et de l'évolution chez les canidés.

Nous fournissons des programmes bioinformatiques et des serveurs web tels que :

References :

[1] Kergal et al, Gene Expression in dogs prediction using Deep Learning (2022). https://github.com/ckergal/BLIMP

[2] Wucher, V. et al. FEELnc: a tool for long non-coding RNA annotation and its application to the dog transcriptome. Nucleic Acids Res gkw1306 (2017). doi:10.1093/nar/gkw1306

[3] Derrien, T., André, C., Galibert, F. & Hitte, C. AutoGRAPH: an interactive web server for automating and visualizing comparative genome maps. Bioinformatics 23, 498-499 (2007).

[4] Berglund, J. et al. Novel origins of copy number variation in the dog genome. Genome Biol 13, R73 (2012).

[5] Vaysse, A. et al. Identification of genomic regions associated with phenotypic variation between dog breeds using selection mapping. PLoS Genet 7, e1002316 (2011).