Présentation de la technologie de séquençage troisième génération.
La technologie de séquençage à lecture longue (Long-read sequencing) proposée par ONT (Oxford Nanopore Technologies) est basée sur la détection d’un courant différentiel lors du passage d’une molécule unique linéaire à travers un nanopore biologique ancré dans une membrane synthétique. Le nanopore est un capteur de flux ionique qui varie selon l’encombrement stérique du composé qui le traverse, ce qui permet d’identifier la séquence d’un brin l’ADN sur une grande longueur (jusqu’à plusieurs Mb) quelque soit sa composition en éléments répétés, en régions riche en GC ou methylées.
Ce type de technologie de séquencage peut être utilisée dans de nombreuses applications biologiques (de manière non exhaustive):
- Recherche fondamentale en génomique:
- Résoudre les régions difficiles à séquencer (i.e. répétitions) avec des lectures ultra longues.
- Identifier les modifications chimiques ARN / ADN (méthylation, acétylation) par séquençage direct.
- Recherche sur l'ARN
- Annoter et quantifier les transcrits complets à l'aide de longues lectures (connectivité directe des exons).
- Explorez les modifications épitranscriptomiques (e.g. m6A) grâce au séquençage direct de l'ARN.
- Recherche clinique
- Cartographier des variants structuraux complexes (SV), incluant les insertions d’éléments transposables.
- Phaser les variants en utilisant de longues lectures.
- Microbiome
- Assembler des génomes complets.
- Séquencer sur le lieu de l'échantillonnage (compte tenu de la portabilité)
Projet IGDRion : MinION@IGDR
Ce projet vise à résumer les informations concernant le processus d'utilisation de la technologie de séquençage MinION à l’IGDR.
Les informations sont également accessibles via :
- a GitHub public repositories dédiés pour les outils développés/utilisés par l'équipe.
- a GitLab private repo pour le suivi spécifique des projets.
Localisation:
Le minION est localisé sur le Campus de Villejean, Bâtiment 4, IGDR, salle 015 - (Rez de Chaussée).
Equipements :
Nous avons :
- 2 Mk1B (MinION) dont un en collaboration avec Dominique Lavenier et Emeline Roux.
- 1 Mk1C
- 1 GridION en prêt via un projet du Cancéropôle Grand Ouest (Drs David Gilot, Aurélien Sérandour et Pierre-François Cartron).
- NEW (Mai 2023): 1 P2-solo (AIS du Dr Yuna Blum).
